1. С ударением на последний слог
Слово «Чека» следует писать с ударением на последний слог, то есть «Че́ка». Правильное написание этого слова с ударением на последний слог указано в современном орфографическом словаре русского языка и является правильным.
2. Исключение исходных форм слова
В исходных формах слова «Чека» ударение может падать на другие слоги, например, в форме родительного падежа множественного числа «чек» ударение падает на первый слог: «чёк». Однако, при образовании от этого слова других форм (например, при образовании формы единственного числа) ударение возвращается на последний слог: «че́ка».