Правильно писать слово «Флаг-капитан» вместе и с дефисом между словами. Это сложноформируемое слово обозначает военно-морское звание высшего офицерского состава, возглавляющее корабль или участие кораблей вооруженных сил.
Также необходимо учитывать изначальное значение слова «флаг» и «капитан». «Флаг» — символ, который используется для обозначения национальности или принадлежности, а «капитан» — начальник судна или корабля. Следовательно, «Флаг-капитан» — это офицер, управляющий кораблем под определенным флагом или знаменем.